La gestación de la idea de fundar el Colegio tiene su inicio el año 1951, cuando la Compañía de Jesús asume la conducción de la Universidad Católica de Valparaíso, siendo en el seno de la Facultad de Filosofía y Educación donde se acoge el año siguiente, con mucho entusiasmo, la idea propuesta por el Rector de la Universidad R.P. Jorge González Föster S.J., en orden a fundar un colegio secundario dependiente de ella. El 17 de Febrero de 1953, el Rector hace pública la noticia que la Universidad ha decidido la creación de un Colegio de Humanidades para jóvenes, comisionándose a don Luis López González, para que, sin perjuicio de sus funciones como Secretario General de la Facultad de Filosofía y Educación, asuma la Dirección del Colegio.

Este conjuntamente con el Decano de la Universidad, R.P. Raúl Montes Ugarte S.J., se hicieron cargo de la organización y puesta en marcha de la institución recién fundada, que llevaba el nombre de quien fuera el primer Rector de la Universidad, el presbítero Rubén Castro, definiendo como signo de filiación con la Universidad Católica de Valparaíso, el lema de su insignia Fides et Labor.

El 23 de marzo se iniciaron las clases con 87 alumnos matriculados en dos cursos de primer año de humanidades y 29 en un curso de segundo año. Ellos habían sido seleccionados entre 360 postulantes, una gran mayoría provenientes de familias de escasos recursos, que se presentaron al examen de admisión. La planta docente la integraban 17 profesores de probado espíritu cristiano, entre los cuales se contaban algunos catedráticos y alumnos de los cursos superiores de la Facultad de Filosofía y Educación.

El 13 de agosto de ese año, día del Patrono del Colegio, San Juan Berchmans, S. J. se inauguraba el nuevo local que se había adquirido a Ferrocarriles del Estado para su funcionamiento.

Desde la perspectiva universitaria, tres razones justificaban su creación: – El ofrecimiento de un servicio educacional de excelencia calificada en procura de la excelencia humana de raigambre católica, abierto a niños y jóvenes provenientes de familias de escasos recursos. – Constituirse en un taller de formación docente para los alumnos que cursaban pedagogía en la Facultad de Filosofía y Educación. – Constituirse en un centro de experimentación de proyectos pedagógicos, elaborados conjuntamente por docentes del Colegio y catedráticos que se desempeñaban en la Facultad de Filosofía y Educación.

El término principal que recoge el sentido esencial del espíritu fundacional como inspirador de la gestión educativa, es la búsqueda permanente de la excelencia humana, como correlato natural de la excelencia académica.

A lo largo de la historia institucional, este sello indeleble del espíritu fundacional, obliga por igual a los alumnos, a los apoderados y a los docentes, a concurrir con un esfuerzo sostenido y dando todos lo mejor de sí, en procura de una formación integral y armónica de la persona en el contexto de la visión cristiana de la existencia, que tiene como meta el logro de la excelencia humana.